연세대 이사회는 지난해 10월 27일 추경이사회를 열고 ‘예장통합, 기감, 기장, 성공회로부터 이사 1명씩을 추천받을 수 있다’는 기존 이사 선임에 관한 정관(제24조 제1항)을 ‘기독교계 2인’으로 바꾸는 정관 개정을 단행했다. 이에 해당 교단들은 즉각 반발했다. 기독교계 이사 숫자를 줄임으로 인해 기독사학인 연세대의 건학 이념이 훼손될 수 있다는 우려 때문이다. 연세대 설립자 故 언더우드 선교사의 직계 후손인 피터 A 언더우드(한국명 원한석) 씨도 같은 맥락에서 이사회의 결정을 비판했다.
 이와 관련해 NCCK(한국기독교교회협의회)는 연세대 이사회의 교단이사파송 정관 변경을 ‘한국 교회의 공적 자산을 탈취한 사건’으로 규정하고, 최근 NCCK는 ‘한국교회의 연세대 되찾기 동참’을 요청하는 목회서신을 8개 회원교단장 명의로 발표했다. NCCK는 “인재 양성의 요람인 연세대는 초기 선교사들과 신앙의 선배들이 열악한 상황 가운데서도 한국 사회의 미래를 위해 열정적으로 헌신한 역사에 기초하고 있다”며 “연세대는 건학 이념에 기독교 정신을 명문화하고 학교를 운영하는 법인 이사회도 다수에 기독교계 인사(6명)를 두어 학교를 관리해 왔다”고 대학 설립 이념을 설명했다. 이어 “그러나 연세대학교 이사회 방우영 이사장이 지난 10월 27일에 이사회를 열어 기독교계가 건학 이념을 지키기 위해 파송하는 권한을 전격적으로 삭제하는 폭거를 단행했다”면서 “이는 선교사들이 피땀 흘려 세우고 가꾸어 한국교회에 물려준 소중한 역사와 자산을 빼앗기고 만 것”이라고 분통을 터뜨렸다.