우리나라 현행법상 종교법인에 대한 기본법 또는 특별법이 별도로 제정하여 시행되는 것이 없다. 다만, 민법(제32조)에 학술, 종교, 기예, 사교, 기타 영리가 아닌 사업을 목적으로 하는 단체는 주무관청(문화관광부 또는 위임받은 특별시, 광역시, 도)의 허가를 얻어 사단 또는 재단법인으로 할 수 있도록 규정하고 있을 뿐이다. 그리고 이들 종교법인은 주무관청의 관리 및 규제를 받는 것이다.

한편 현행 세법(법인세법)에서는 사단 및 재단법인과 같은 종교법인은 비영리법인으로서 세제혜택을 받는다. 그 외 법인격이 없는 종교단체일지라도 국세기본법(제13조)에 규정하는 법인으로 보는 단체 또는 개별교회(개별사원 등)의 경우에도 관할세무서장의 승인을 얻는 경우 법인으로 의제하여 세제혜택을 받을 수 있다.

종교법인이란 성도의 영적구원(교화), 선교(전도), 구제사업 및 기타 사회사업 등을 목적으로 설립하고 의도적․계획적으로 이윤을 추구하지 않는 비영리법인이어야 하며 종교법인은 설립고유목적을 달성하기 위하여 성도들로부터 헌금, 기부금을 받아 그것을 재원으로 반드시 종교활동에 사용하여야 하며 성도들은 반대급부를 기대하지 않는 기부금형태로 자기의 재산을 종교법인에 귀속시키는 것이며 이후 자신들이 제공한 재원의 대가로 어떠한 경제적 반사이익을 요구하지 않는다.

종교법인은 어떤 특정인의 사적소유에 속하는 지분(持分)이 존재하지 않는다. 그러므로 종교법인의 자산․부채․기금 등은 모두 당해 종교법인의 실체에 귀속되며 일반적인 영리법인에 적용되는 지분(주권)의 매매․교환․증여․상속․배당․재산의 처리 등과 같은 회계가 성립될 수 없는 것이 종교법인의 특성인 것이다.

모든 종교 활동을 하는 종교단체는 민법 제32조의 규정에 의하여 문화관광부 또는 위임된 기관의 허가(승인)을 얻어 사단법인 또는 재단법인으로 설립등기를 하면 법인으로서 그 고유목적에 반하지 않는 한 각종 공익사업을 할 수 있으며 소유재산을 종교법인의 명의로 하여 영속적으로 재산 유지와 관리가 가능하다.

그리고 각종 세제상의 혜택을 받을 수 있다. 세제혜택을 받기 위하여는 반드시 법인설립등기일로부터 2개월 이내에 납세지 관할세무서장에게 법인설립신고를 하여야 한다. 종교법인이 신규로 수익사업을 영위하는 경우 사업개시일로부터 20일 이내에 납세지 관할세무서장에게 사업자등록을 하고 등록증을 교부받아야 한다. 사업장이 2개 이상일 경우에는 각 사업장별로 사업자등록을 해야 한다.

사업자등록증은 수익사업을 영위하는 종교법인에만 교부되는 것이고 수익사업을 하지 않아 부가가치세 납세의무가 없는 종교법인은 단순히 거래상대방 사업자의 거래내용과 과세자료를 국세청에 보고처리하기 위하여 사업자등록증대신 이에 준하는 고유번호를 부여받게 되는 것이다.   

만약 종교법인이 수익사업을 영위하면서 사업자등록을 하지 않으면 등록신청을 해야 하는 날이 속하는 과세기간까지 거래한 공급가액의 1%(간이과세 0.5%)의 가산세가 부과된다. 뿐만아니라 사업자등록을 하지 않으면 거래시 세금계산서를 받을 수 없으므로 물품구매시 부담하는 매입세액을 공제받지 못하는 불이익이 따른다.